1. 背景
VESTA 是一款非常优秀的晶体结构可视化软件,其他软件比如 ASE、Jmol 和 Materials Studio 等其他可视化软件都使用CPK配色方案,但是 VESTA 使用了自己的配色方案,有时候我们需要使用 CPK 配色方案,保证整篇文章的原子配色一致,这里介绍如何修改 VESTA 的配色。
2. 修改配色
在 MacOS 中 VESTA 默认的配色文件是 /Applications/VESTA.app/Contents/Resources/element.ini
,windows 在 VESTA 的文件夹中,我们可以直接修改这个文件来更改 VESTA 的配色。需要注意的是修改这个文件需要把 VESTA 关闭,否则修改不会生效。
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| (base) migie:Resources/ $ head elements.ini [18:12:39] 1 H 0.46 1.20 0.200 1.00000 0.80000 0.80000 1 D 0.46 1.20 0.200 0.80000 0.80000 1.00000 2 He 1.22 1.40 1.220 0.98907 0.91312 0.81091 3 Li 1.57 1.40 0.590 0.52731 0.87953 0.45670 4 Be 1.12 1.40 0.270 0.37147 0.84590 0.48292 5 B 0.81 1.40 0.110 0.12490 0.63612 0.05948 6 C 0.77 1.70 0.150 0.50430 0.28659 0.16236 7 N 0.74 1.55 1.460 0.69139 0.72934 0.90280 8 O 0.74 1.52 1.400 0.99997 0.01328 0.00000 9 F 0.72 1.47 1.330 0.69139 0.72934 0.90280
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这里定义了原子的半径和颜色,其中倒数三列是不同元素的颜色,使用0~1的RGB来定义,我们可以修改这个文件来f个性化修改 VESTA 的配色。
这里是一个 CPK 配色方案的配色文件(element.ini),可以直接替换原文件。
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| 1 H 0.46 1.20 0.200 1.00000 1.00000 1.00000 1 D 0.46 1.20 0.200 1.00000 1.00000 1.00000 2 He 1.22 1.40 1.220 0.85098 1.00000 1.00000 3 Li 1.57 1.40 0.590 0.80000 0.50196 1.00000 4 Be 1.12 1.40 0.270 0.76078 1.00000 0.00000 5 B 0.81 1.40 0.110 1.00000 0.70980 0.70980 6 C 0.77 1.70 0.150 0.56471 0.56471 0.56471 7 N 0.74 1.55 1.460 0.18824 0.31373 0.97255 8 O 0.74 1.52 1.400 1.00000 0.05098 0.05098 9 F 0.72 1.47 1.330 0.56471 0.87843 0.31373 10 Ne 1.60 1.54 1.600 0.70196 0.89020 0.96078 11 Na 1.91 1.54 1.020 0.67059 0.36078 0.94902 12 Mg 1.60 1.54 0.720 0.54118 1.00000 0.00000 13 Al 1.43 1.54 0.390 0.74902 0.65098 0.65098 14 Si 1.18 2.10 0.260 0.94118 0.78431 0.62745 15 P 1.10 1.80 0.170 1.00000 0.50196 0.00000 16 S 1.04 1.80 1.840 1.00000 1.00000 0.18824 17 Cl 0.99 1.75 1.810 0.12157 0.94118 0.12157 18 Ar 1.92 1.88 1.920 0.50196 0.81961 0.89020 19 K 2.35 1.88 1.510 0.56078 0.25098 0.83137 20 Ca 1.97 1.88 1.120 0.23922 1.00000 0.00000 21 Sc 1.64 1.88 0.745 0.90196 0.90196 0.90196 22 Ti 1.47 1.88 0.605 0.74902 0.76078 0.78039 23 V 1.35 1.88 0.580 0.65098 0.65098 0.67059 24 Cr 1.29 1.88 0.615 0.54118 0.60000 0.78039 25 Mn 1.37 1.88 0.830 0.61176 0.47843 0.78039 26 Fe 1.26 1.88 0.780 0.87843 0.40000 0.20000 27 Co 1.25 1.88 0.745 0.94118 0.56471 0.62745 28 Ni 1.25 1.88 0.690 0.31373 0.81569 0.31373 29 Cu 1.28 1.88 0.730 0.78431 0.50196 0.20000 30 Zn 1.37 1.88 0.740 0.49020 0.50196 0.69020 31 Ga 1.53 1.88 0.620 0.76078 0.56078 0.56078 32 Ge 1.22 1.88 0.530 0.40000 0.56078 0.56078 33 As 1.21 1.85 0.335 0.74118 0.50196 0.89020 34 Se 1.04 1.90 1.980 1.00000 0.63137 0.00000 35 Br 1.14 1.85 1.960 0.65098 0.16078 0.16078 36 Kr 1.98 2.02 1.980 0.36078 0.72157 0.81961 37 Rb 2.50 2.02 1.610 0.43922 0.18039 0.69020 38 Sr 2.15 2.02 1.260 0.00000 1.00000 0.00000 39 Y 1.82 2.02 1.019 0.58039 1.00000 1.00000 40 Zr 1.60 2.02 0.720 0.58039 0.87843 0.87843 41 Nb 1.47 2.02 0.640 0.45098 0.76078 0.78824 42 Mo 1.40 2.02 0.590 0.32941 0.70980 0.70980 43 Tc 1.35 2.02 0.560 0.23137 0.61961 0.61961 44 Ru 1.34 2.02 0.620 0.14118 0.56078 0.56078 45 Rh 1.34 2.02 0.665 0.03922 0.49020 0.54902 46 Pd 1.37 2.02 0.860 0.00000 0.41176 0.52157 47 Ag 1.44 2.02 1.150 0.75294 0.75294 0.75294 48 Cd 1.52 2.02 0.950 1.00000 0.85098 0.56078 49 In 1.67 2.02 0.800 0.65098 0.45882 0.45098 50 Sn 1.58 2.02 0.690 0.40000 0.50196 0.50196 51 Sb 1.41 2.00 0.760 0.61961 0.38824 0.70980 52 Te 1.37 2.06 2.210 0.83137 0.48235 0.00000 53 I 1.33 1.98 2.200 0.58039 0.00000 0.58039 54 Xe 2.18 2.16 0.480 0.25882 0.61961 0.70980 55 Cs 2.72 2.16 1.740 0.33725 0.00000 0.41176 56 Ba 2.24 2.16 1.420 0.00000 0.78824 0.00000 57 La 1.88 2.16 1.160 0.43922 0.83137 0.83137 58 Ce 1.82 2.16 0.970 1.00000 1.00000 0.78824 59 Pr 1.82 2.16 1.126 0.85098 1.00000 0.78824 60 Nd 1.82 2.16 1.109 0.78824 1.00000 0.78824 61 Pm 1.81 2.16 1.093 0.63137 1.00000 0.78824 62 Sm 1.81 2.16 1.270 0.50196 1.00000 0.78824 63 Eu 2.06 2.16 1.066 0.38824 1.00000 0.78824 64 Gd 1.79 2.16 1.053 0.27843 1.00000 0.78824 65 Tb 1.77 2.16 1.040 0.18824 1.00000 0.78824 66 Dy 1.77 2.16 1.027 0.12157 1.00000 0.78824 67 Ho 1.76 2.16 1.015 0.00000 1.00000 0.63137 68 Er 1.75 2.16 1.004 0.00000 0.89020 0.50196 69 Tm 1.00 2.16 0.994 0.00000 0.83137 0.38824 70 Yb 1.94 2.16 0.985 0.00000 0.78824 0.27843 71 Lu 1.72 2.16 0.977 0.00000 0.73725 0.20392 72 Hf 1.59 2.16 0.710 0.30196 0.76078 1.00000 73 Ta 1.47 2.16 0.640 0.30196 0.65098 1.00000 74 W 1.41 2.16 0.600 0.12941 0.54118 0.87843 75 Re 1.37 2.16 0.530 0.15294 0.47843 0.76078 76 Os 1.35 2.16 0.630 0.14902 0.41176 0.63137 77 Ir 1.36 2.16 0.625 0.09020 0.36078 0.54902 78 Pt 1.39 2.16 0.625 0.82353 0.82353 0.90196 79 Au 1.44 2.16 1.370 1.00000 0.82353 0.13725 80 Hg 1.55 2.16 1.020 0.72157 0.72157 0.81961 81 Tl 1.71 2.16 0.885 0.65098 0.33333 0.31373 82 Pb 1.75 2.16 1.190 0.34118 0.34118 0.36078 83 Bi 1.82 2.16 1.030 0.62353 0.31373 0.74902 84 Po 1.77 2.16 0.940 0.66667 0.36078 0.00000 85 At 0.62 2.16 0.620 0.45882 0.31373 0.27843 86 Rn 0.80 2.16 0.800 0.25882 0.52157 0.61961 87 Fr 1.00 2.16 1.800 0.25882 0.00000 0.41176 88 Ra 2.35 2.16 1.480 0.00000 0.49020 0.00000 89 Ac 2.03 2.16 1.120 0.43922 0.67843 0.90196 90 Th 1.80 2.16 1.050 0.00000 0.72549 1.00000 91 Pa 1.63 2.16 0.780 0.00000 0.62745 1.00000 92 U 1.56 2.16 0.730 0.00000 0.56078 1.00000 93 Np 1.56 2.16 0.750 0.00000 0.50196 1.00000 94 Pu 1.64 2.16 0.860 0.00000 0.43922 1.00000 95 Am 1.73 2.16 0.975 0.32941 0.36863 0.94118 96 Cm 1.85 2.16 1.050 0.47059 0.36863 0.87843 97 Bk 1.93 2.16 1.120 0.54118 0.36863 0.81569 98 Cf 2.01 2.16 1.190 0.61176 0.36863 0.75294 99 Es 2.09 2.16 1.260 0.68235 0.36863 0.69020 100 Fm 2.17 2.16 1.330 0.75294 0.36863 0.62745 101 Md 2.25 2.16 1.400 0.82353 0.36863 0.56078 102 No 2.33 2.16 1.470 0.89412 0.36863 0.49020 103 Lr 2.41 2.16 1.540 0.96471 0.36863 0.41176 104 Rf 2.49 2.16 1.610 1.00000 0.36863 0.33333 105 Db 2.57 2.16 1.680 1.00000 0.36863 0.25490 106 Sg 2.65 2.16 1.750 1.00000 0.36863 0.17647 107 Bh 2.73 2.16 1.820 1.00000 0.36863 0.09804 108 Hs 2.81 2.16 1.890 1.00000 0.36863 0.01961 109 Mt 2.89 2.16 1.960 1.00000 0.36863 0.00000 110 XX 0.80 1.00 0.800 0.30000 0.30000 0.30000
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