1. 背景

VESTA 是一款非常优秀的晶体结构可视化软件,其他软件比如 ASE、Jmol 和 Materials Studio 等其他可视化软件都使用CPK配色方案,但是 VESTA 使用了自己的配色方案,有时候我们需要使用 CPK 配色方案,保证整篇文章的原子配色一致,这里介绍如何修改 VESTA 的配色。

2. 修改配色

在 MacOS 中 VESTA 默认的配色文件是 /Applications/VESTA.app/Contents/Resources/element.ini,windows 在 VESTA 的文件夹中,我们可以直接修改这个文件来更改 VESTA 的配色。需要注意的是修改这个文件需要把 VESTA 关闭,否则修改不会生效。

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(base) migie:Resources/ $ head elements.ini                          [18:12:39]
1 H 0.46 1.20 0.200 1.00000 0.80000 0.80000
1 D 0.46 1.20 0.200 0.80000 0.80000 1.00000
2 He 1.22 1.40 1.220 0.98907 0.91312 0.81091
3 Li 1.57 1.40 0.590 0.52731 0.87953 0.45670
4 Be 1.12 1.40 0.270 0.37147 0.84590 0.48292
5 B 0.81 1.40 0.110 0.12490 0.63612 0.05948
6 C 0.77 1.70 0.150 0.50430 0.28659 0.16236
7 N 0.74 1.55 1.460 0.69139 0.72934 0.90280
8 O 0.74 1.52 1.400 0.99997 0.01328 0.00000
9 F 0.72 1.47 1.330 0.69139 0.72934 0.90280

这里定义了原子的半径和颜色,其中倒数三列是不同元素的颜色,使用0~1的RGB来定义,我们可以修改这个文件来f个性化修改 VESTA 的配色。
这里是一个 CPK 配色方案的配色文件(element.ini),可以直接替换原文件。

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  1  H  0.46  1.20  0.200    1.00000    1.00000    1.00000
1 D 0.46 1.20 0.200 1.00000 1.00000 1.00000
2 He 1.22 1.40 1.220 0.85098 1.00000 1.00000
3 Li 1.57 1.40 0.590 0.80000 0.50196 1.00000
4 Be 1.12 1.40 0.270 0.76078 1.00000 0.00000
5 B 0.81 1.40 0.110 1.00000 0.70980 0.70980
6 C 0.77 1.70 0.150 0.56471 0.56471 0.56471
7 N 0.74 1.55 1.460 0.18824 0.31373 0.97255
8 O 0.74 1.52 1.400 1.00000 0.05098 0.05098
9 F 0.72 1.47 1.330 0.56471 0.87843 0.31373
10 Ne 1.60 1.54 1.600 0.70196 0.89020 0.96078
11 Na 1.91 1.54 1.020 0.67059 0.36078 0.94902
12 Mg 1.60 1.54 0.720 0.54118 1.00000 0.00000
13 Al 1.43 1.54 0.390 0.74902 0.65098 0.65098
14 Si 1.18 2.10 0.260 0.94118 0.78431 0.62745
15 P 1.10 1.80 0.170 1.00000 0.50196 0.00000
16 S 1.04 1.80 1.840 1.00000 1.00000 0.18824
17 Cl 0.99 1.75 1.810 0.12157 0.94118 0.12157
18 Ar 1.92 1.88 1.920 0.50196 0.81961 0.89020
19 K 2.35 1.88 1.510 0.56078 0.25098 0.83137
20 Ca 1.97 1.88 1.120 0.23922 1.00000 0.00000
21 Sc 1.64 1.88 0.745 0.90196 0.90196 0.90196
22 Ti 1.47 1.88 0.605 0.74902 0.76078 0.78039
23 V 1.35 1.88 0.580 0.65098 0.65098 0.67059
24 Cr 1.29 1.88 0.615 0.54118 0.60000 0.78039
25 Mn 1.37 1.88 0.830 0.61176 0.47843 0.78039
26 Fe 1.26 1.88 0.780 0.87843 0.40000 0.20000
27 Co 1.25 1.88 0.745 0.94118 0.56471 0.62745
28 Ni 1.25 1.88 0.690 0.31373 0.81569 0.31373
29 Cu 1.28 1.88 0.730 0.78431 0.50196 0.20000
30 Zn 1.37 1.88 0.740 0.49020 0.50196 0.69020
31 Ga 1.53 1.88 0.620 0.76078 0.56078 0.56078
32 Ge 1.22 1.88 0.530 0.40000 0.56078 0.56078
33 As 1.21 1.85 0.335 0.74118 0.50196 0.89020
34 Se 1.04 1.90 1.980 1.00000 0.63137 0.00000
35 Br 1.14 1.85 1.960 0.65098 0.16078 0.16078
36 Kr 1.98 2.02 1.980 0.36078 0.72157 0.81961
37 Rb 2.50 2.02 1.610 0.43922 0.18039 0.69020
38 Sr 2.15 2.02 1.260 0.00000 1.00000 0.00000
39 Y 1.82 2.02 1.019 0.58039 1.00000 1.00000
40 Zr 1.60 2.02 0.720 0.58039 0.87843 0.87843
41 Nb 1.47 2.02 0.640 0.45098 0.76078 0.78824
42 Mo 1.40 2.02 0.590 0.32941 0.70980 0.70980
43 Tc 1.35 2.02 0.560 0.23137 0.61961 0.61961
44 Ru 1.34 2.02 0.620 0.14118 0.56078 0.56078
45 Rh 1.34 2.02 0.665 0.03922 0.49020 0.54902
46 Pd 1.37 2.02 0.860 0.00000 0.41176 0.52157
47 Ag 1.44 2.02 1.150 0.75294 0.75294 0.75294
48 Cd 1.52 2.02 0.950 1.00000 0.85098 0.56078
49 In 1.67 2.02 0.800 0.65098 0.45882 0.45098
50 Sn 1.58 2.02 0.690 0.40000 0.50196 0.50196
51 Sb 1.41 2.00 0.760 0.61961 0.38824 0.70980
52 Te 1.37 2.06 2.210 0.83137 0.48235 0.00000
53 I 1.33 1.98 2.200 0.58039 0.00000 0.58039
54 Xe 2.18 2.16 0.480 0.25882 0.61961 0.70980
55 Cs 2.72 2.16 1.740 0.33725 0.00000 0.41176
56 Ba 2.24 2.16 1.420 0.00000 0.78824 0.00000
57 La 1.88 2.16 1.160 0.43922 0.83137 0.83137
58 Ce 1.82 2.16 0.970 1.00000 1.00000 0.78824
59 Pr 1.82 2.16 1.126 0.85098 1.00000 0.78824
60 Nd 1.82 2.16 1.109 0.78824 1.00000 0.78824
61 Pm 1.81 2.16 1.093 0.63137 1.00000 0.78824
62 Sm 1.81 2.16 1.270 0.50196 1.00000 0.78824
63 Eu 2.06 2.16 1.066 0.38824 1.00000 0.78824
64 Gd 1.79 2.16 1.053 0.27843 1.00000 0.78824
65 Tb 1.77 2.16 1.040 0.18824 1.00000 0.78824
66 Dy 1.77 2.16 1.027 0.12157 1.00000 0.78824
67 Ho 1.76 2.16 1.015 0.00000 1.00000 0.63137
68 Er 1.75 2.16 1.004 0.00000 0.89020 0.50196
69 Tm 1.00 2.16 0.994 0.00000 0.83137 0.38824
70 Yb 1.94 2.16 0.985 0.00000 0.78824 0.27843
71 Lu 1.72 2.16 0.977 0.00000 0.73725 0.20392
72 Hf 1.59 2.16 0.710 0.30196 0.76078 1.00000
73 Ta 1.47 2.16 0.640 0.30196 0.65098 1.00000
74 W 1.41 2.16 0.600 0.12941 0.54118 0.87843
75 Re 1.37 2.16 0.530 0.15294 0.47843 0.76078
76 Os 1.35 2.16 0.630 0.14902 0.41176 0.63137
77 Ir 1.36 2.16 0.625 0.09020 0.36078 0.54902
78 Pt 1.39 2.16 0.625 0.82353 0.82353 0.90196
79 Au 1.44 2.16 1.370 1.00000 0.82353 0.13725
80 Hg 1.55 2.16 1.020 0.72157 0.72157 0.81961
81 Tl 1.71 2.16 0.885 0.65098 0.33333 0.31373
82 Pb 1.75 2.16 1.190 0.34118 0.34118 0.36078
83 Bi 1.82 2.16 1.030 0.62353 0.31373 0.74902
84 Po 1.77 2.16 0.940 0.66667 0.36078 0.00000
85 At 0.62 2.16 0.620 0.45882 0.31373 0.27843
86 Rn 0.80 2.16 0.800 0.25882 0.52157 0.61961
87 Fr 1.00 2.16 1.800 0.25882 0.00000 0.41176
88 Ra 2.35 2.16 1.480 0.00000 0.49020 0.00000
89 Ac 2.03 2.16 1.120 0.43922 0.67843 0.90196
90 Th 1.80 2.16 1.050 0.00000 0.72549 1.00000
91 Pa 1.63 2.16 0.780 0.00000 0.62745 1.00000
92 U 1.56 2.16 0.730 0.00000 0.56078 1.00000
93 Np 1.56 2.16 0.750 0.00000 0.50196 1.00000
94 Pu 1.64 2.16 0.860 0.00000 0.43922 1.00000
95 Am 1.73 2.16 0.975 0.32941 0.36863 0.94118
96 Cm 1.85 2.16 1.050 0.47059 0.36863 0.87843
97 Bk 1.93 2.16 1.120 0.54118 0.36863 0.81569
98 Cf 2.01 2.16 1.190 0.61176 0.36863 0.75294
99 Es 2.09 2.16 1.260 0.68235 0.36863 0.69020
100 Fm 2.17 2.16 1.330 0.75294 0.36863 0.62745
101 Md 2.25 2.16 1.400 0.82353 0.36863 0.56078
102 No 2.33 2.16 1.470 0.89412 0.36863 0.49020
103 Lr 2.41 2.16 1.540 0.96471 0.36863 0.41176
104 Rf 2.49 2.16 1.610 1.00000 0.36863 0.33333
105 Db 2.57 2.16 1.680 1.00000 0.36863 0.25490
106 Sg 2.65 2.16 1.750 1.00000 0.36863 0.17647
107 Bh 2.73 2.16 1.820 1.00000 0.36863 0.09804
108 Hs 2.81 2.16 1.890 1.00000 0.36863 0.01961
109 Mt 2.89 2.16 1.960 1.00000 0.36863 0.00000
110 XX 0.80 1.00 0.800 0.30000 0.30000 0.30000