JDFTx恒电势计算方法与应用
JDFTx恒电势计算方法与应用 简要介绍：JDFTx是一种平面波密度泛函理论（DFT）代码，旨在易于开发和使用。JDFTx是使用高度模板化和面向对象的C++11代码编写的，目的是在DFT++代数框架中表达所有物理特性，同时保持较小的内存占用并支持一系列硬件架构（如使用CUDA的GPU），而不需要为每种架构手动优化实现。 相比于最流行的DFT软件VASP所需要的输入文件： 1234INCAR # 输入文件 设置计算参数KPOINTS # K点文件 设置k点POSCAR # 结构文件 包含晶胞和原子坐标信息POTCAR # 赝势文件 包含原子种类和赝势信息 JDFTx...
我日常的命令行用法
科研生涯已经2年半，说长不长，说短不短。 我将介绍一下这两年我学习到的对类unix系统的知识和一些我常用的命令行操作。 一些基础前言，先了解一下Linux基础吧，我只讲我觉得最需要了解的东西，如果感兴趣的话，可以去网上搜索更详细的资料。 环境变量权限pgtar12#!/bin/zshtar -cf - $1 | pigz > $1.tar.gz 1pigz -d -c *.tar.gz | tar -xf -
Python 科学计算加速的几种方法
python 作为一种解释型语言，通常运行速度较慢，特别是在科学计算领域。为了提高运行效率，通常需要使用一些加速方法。本文将简单介绍如何使用这些方法加速 Python 科学计算。 首先，我们定义一个 Mandelbrot 函数，用于演示加速方法。 1234567891011121314151617import numpy as npimport timedef MandNumba(ext, max_steps, Nx, Ny): data = np.ones((Nx, Ny)) * max_steps for i in range(Nx): for j in...
VESTA 原子配色更换
1. 背景VESTA 是一款非常优秀的晶体结构可视化软件，其他软件比如 ASE、Jmol 和 Materials Studio 等其他可视化软件都使用CPK配色方案，但是 VESTA 使用了自己的配色方案，有时候我们需要使用 CPK 配色方案，保证整篇文章的原子配色一致，这里介绍如何修改 VESTA 的配色。 2. 修改配色在 MacOS 中 VESTA 默认的配色文件是 /Applications/VESTA.app/Contents/Resources/element.ini，windows 在 VESTA 的文件夹中，我们可以直接修改这个文件来更改 VESTA...
使用 mp_api 下载 Materials Project 上的结构
Materials Project 是一个提供材料数据的数据库，其中包含了大量的材料结构数据。Materials Project 提供了一个 API，可以通过 API 获取 Materials Project 上的数据。mp_api 是一个 Python 包，可以通过 API 下载 Materials Project 上的数据。本文介绍如何使用 mp_api 下载 Materials Project 上的结构数据。 安装 mp_api首先需要安装 mp_api。可以通过 pip 安装： 1pip install mp-api 使用 mp_api获取 Materials Project...
并行！！！
人只有1个“核心”，一次只能干一件事，串行。但是电脑有好几个核心，可以一次干很多事，也可以把一件事拆成几份一起干，并行。这篇文章用以记录各种并行操作。 多线程解压缩日常我们会往服务器上传或者下载一些大文件，进行压缩，可以减少文件大小，加快传输速度，减少流量的损耗。 如果压缩文件很大，解压缩的时间也会很长。这时候我们可以使用并行的方式解压缩，加快速度。下面是 tar 和 pigz 的结合使用，tar 用来打包，pigz 用来压缩。 123456# 将文件夹 folder 打包成 archive.tar.gztar -cf - folder/ | pigz >...
conda 的使用
个人记录贴，记录一些 conda 的使用方法当默认的安装路径硬盘空间不足时，可以通过修改 conda 的默认安装路径来解决这个问题。 查看 conda 的默认安装路径可以通过下面的命令查看 conda 的默认安装路径： 1conda info 修改 conda 的默认安装路径1conda config --set envs_dirs /path/to/your/envs
Python 绘图
个人记录贴，持续更新中 python 可以绘制出非常精美的图形，其操作也是比较简单的，稍微了解一下就可以使用了，完全可以应付科研工作中的绘图需求。 安装先介绍一下用到的几个库： NumpyNumpy 是 Python 的一个科学计算库，提供了大量的数学函数和矩阵运算等功能。在这里我们主要使用numpy来读取包含大量数据的数据文件。 Pandaspandas 是一个强大的数据分析库，提供了大量的数据结构和数据处理工具，可以方便地处理数据文件。Pandas根据我的习惯，主要用来读取包含少量数据的数据文件。提供了 DataFrame...
使用预训练大模型 CHGNet 对结构进行粗优化
现有很多的预训练大模型，他们的计算速度非常快。CHGNet是预训练模型的一种，其基于python开发，非常简单易用，适合用于不合理结构的粗优化，加速DFT计算的收敛速度。 安装 CHGNet使用 conda 创建新环境 1234567conda create -n chgnet python=3.9 # 创建名为chgnet的conda虚拟环境，并且安装3.9版本的pythonconda activate chgnet # 激活创建的 chgnet 环境pip install chgnet # 使用 pip 直接安装 chgnet 及其依赖# 可能会遇到 numpy...
macos 配置
一些系统设置光标响应速度System Preferences -> Keyboard 三指拖移System Preferences -> Accessibility -> Pointer Control -> Trackpad Options HomebrewHomebrew 是 macos 和 Linux 中的软件和包（Package）管理软件，类似于 centOS 的 yum 和 ubuntu 的 apt-get。 首先在 terminal 中运行 1/bin/bash -c "$(curl -fsSL...